En 2002, le centre s'est associé fonctionnellement à l'Institut Pasteur pour devenir le Centre Cochin-Pasteur d'Essais vaccinaux, permettant la réalisation d'essais vaccinaux à visée préventive et thérapeutique dans le cadre de maladies infectieuses et des pathologies tumorales ou auto-immunes.

En 2005, dans le cadre de l'appel d'offre de création par l'INSERM et la DHOS de CIC intégrés en biothérapie, le Centre d'Essais Vaccinaux Cochin Pasteur a obtenu le label CIC de vaccinologie intégré en biothérapie

En 2007, le Centre d'Investigation Clinique de Vaccinologie Cochin Pasteur (CIC VCP) est donc une structure mixte INSERM / DHOS dédiée à la recherche vaccinale dont l'organisation est formalisée par convention avec ses différents partenaires, l'INSERM, l'APHP, l'Institut Pasteur et la Faculté de médecine Paris-Descartes.

Les recherches biomédicales effectuées au CIC VCP sont réalisées conformément à la réglementation internationnale sur la protection des personnes se prêtant à des recherches biomédicales.

Le CIC VCP bénéficie d'une autorisation de lieu délivrée par l'AFSSAPS. Cette autorisation permet la conduite de recherches biomédicales, chez le volontaire majeur et le volontaire mineur à partir de 1 mois (article L. 1124-6 du code de la santé publique).

Le CIC VCP travaille en étroite collaboration avec des structures de recherches académiques, des services cliniques spécialisés, des laboratoires publics et privés. Les recherches biomédicales nécessitant une utilisation d'animaux dans le déroulement du projet, ne peuvent pas bénéficier de l'organisation et de la structure du CIC VCP.